Музей археологии и этнографии Академии Наук Республики Молдова был основан в 1977 году на базе археологической экспозиции, организованной в 1958 году в здании Академии Наук Молдавской ССР. Открыт для публики с 1986 года. В настоящее время находится в Кишинёве в здании конца XIX века, построенном по проекту архитектора А. Бернардацци.